Το Β΄ βιβλίο χωρίζεται σε δύο μέρη: στο προοίμιο και στην κυρίως πραγματεία περί κόσμου. Το προοίμιο με τη σειρά του χωρίζται σε τρία μέρη, που αντιστοιχούν σε ανάλογα χωρία του Τίμαιου: α) στην προσευχή, που ερμηνεύει το χωρίο του Τίμαιου 27c 1 - d 2. β) στην παράκληση των ακροατών που αντιστοιχεί στο χωρίο 27d 2-4 του Τίμαιου. γ) στη διατύπωση των υποθέσεων (αξιωμάτων, δεδομένων) που αντιστοιχεί στο χωρίο 27d 5 - 28b 5 του Τίμαιου.

Ο Τίμαιος, ακολουθώντας την αποδεικτική μέθοδο των γεωμετρών, ξεκινά τη μελέτη του κόσμου και της φύσης από κάποιες δεδομένες υποθέσεις-αξιώματα, που αποτελούν και τις αρχές της φυσικής επιστήμης κατά τον Πλάτωνα.