Το νεότερο παιχνίδι της σειράς Paper Mario. Γίνετε μέλος του Mario και της παρέας του για άλλη μια φορά σε μια ολοκαίνουργια περιπέτεια για την επαναφορά του χρώματος στον κόσμο!

Σε μια σκοτεινή θυελλώδη νύχτα, ο Mario βρίσκει την πριγκίπισσα Peach και τον Toad στην πόρτα του. Έκπληκτος τους αφήνει να μπουν και λαμβάνει ένα μυστηριώδες γράμμα. Στο γράμμα είναι ένας Φρύνος στραγγισμένος από τα χρώματά του. Η σφραγίδα στο γράμμα δείχνει το Prism Island και τον Mario and co. κατευθυνθείτε γρήγορα εκεί με μια βάρκα, ακόμη και όταν ταξιδεύετε μέσα σε μια καταιγίδα. Με την άφιξη, η πλατεία της πόλης είναι έρημη και μεγάλο μέρος του χρώματος έχει στραγγιστεί. Στη συνέχεια, ο Toad φεύγει, ενώ ο Mario και ο Peach σύντομα συνάντησαν τον Huey, έναν μυστηριώδη τρισδιάστατο κουβά μπογιάς. Ακούγεται μια κραυγή και ο Mario, ο Huey και η πριγκίπισσα Peach κατευθύνονται γρήγορα στον ήχο μόνο για να βρουν έναν τύπο Slurp που στραγγίζει το χρώμα από τον Toad. Αφού ο Φρύνος ξαναγίνει χρώμα και ο Χιούι πιέζεται από τον Μάριο σε ένα δισδιάστατο αντικείμενο, ξεκινούν να βρουν τον ένοχο.