Το Blazing Angels 2: Secret Missions παρουσιάζει τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο από μία διαφορετική οπτική, αυτή ενός ελίτ πιλότου που είναι μέλος μιας μυστικής ομάδας. Στο παιχνίδι, ο παίκτης αναλαμβάνει μερικές από τις πιο επικίνδυνες αποστολές σε εξωτικά μέρη σε όλο τον κόσμο. Ως ελίτ πιλότος, ο παίκτης περνά από μια σπουδαία περιπέτεια στην άλλη, ενώ μάχεται τα πιο θανατηφόρα πειραματικά όπλα του Τρίτου Ράιχ. Αποστολή της ομάδας είναι να εμποδίσει την κατασκευή του απόλυτου όπλου. Για να βοηθήσουν τους παίκτες σε αυτήν την αποστολή, έχουν στη διάθεσή τους μια ποικιλία από εξαιρετικά πειραματικά αεροσκάφη και όπλα.