Η σωστή συντήρηση και η προστασία των ηλιακών συλλεκτών είναι σημαντική για τη διατήρηση της λειτουργικότητας του συστήματος. Σε περίπτωση απουσίας για μεγάλο χρονικό διάστημα, κυρίως κατά τους καλοκαιρινούς μήνες, συνιστάται η κάλυψη των ηλιακών συλλεκτών. Όταν δεν καλύπτονται, υπάρχει κίνδυνος συσσώρευσης νερού στο μπόιλερ που μπορεί να προκαλέσει υπερθερμία και να απαιτήσει εξαέρωση του κλειστού κυκλώματος καθώς και συμπλήρωση θερμικού υγρού κατά την επιστροφή. Αν δεν έχει γίνει η καθιερωμένη συντήρηση, υπάρχει πιθανότητα να μην ενεργοποιηθούν τα ασφαλιστικά του μπόιλερ, με κίνδυνο ζημιάς στο μπόιλερ.

Επιπλέον, κατά τους χειμερινούς μήνες, η χρήση καλύμματος κρίνεται απαραίτητη σε περιπτώσεις χαμηλών θερμοκρασιών για την προστασία του συστήματος.