Στον φανταστικό κόσμο της Gamindustri, τέσσερις θεότητες (CPUs) εμπλέκονται σε έναν αδιάκοπο πόλεμο για την επικράτηση, γνωστό ως War of the Guardians. Όταν η Neptune ηττάται από τις υπόλοιπες θεές, εξορίζεται από τους ουρανούς και χάνει πλήρως τις μνήμες της. Με τη βοήθεια της Compa, της IF και ενός μυστηριώδους ζωντανού βιβλίου με το όνομα Histoire, η Neptune ξεκινά ένα συναρπαστικό ταξίδι σε τέσσερα διαφορετικά έθνη. Στόχος της είναι να ανακτήσει τις δυνάμεις της και να σώσει ολόκληρο τον κόσμο, σε ένα πλούσιο JRPG γεμάτο τακτικές μάχες και απολαυστικό χιούμορ.

Η Neptune μεταφέρεται απροσδόκητα σε μια εναλλακτική διάσταση της Gamindustri που θυμίζει έντονα τη δεκαετία του 1989. Για να επιστρέψει στον δικό της κόσμο, πρέπει να συγκεντρώσει αρκετά Shares ώστε να ανοίξει τη διαστατική πύλη, όμως η κακόβουλη συμμαχία των Seven Sages σχεδιάζει να αφανίσει όλες τις CPUs. Μέσα από διαστατικές φιλίες, ξεκαρδιστικές αναφορές στη ρετρό κουλτούρα των video games και αναβαθμισμένα συστήματα customisation, η Neptune καλείται να σώσει την εναλλακτική πραγματικότητα και να βρει τον δρόμο για το σπίτι της.