Στις πιο σκοτεινές γωνιές του απέραντου χώρου, η απόλυτη κακία παραμονεύει. Οι σκοτεινές δυνάμεις που ηγούνται από τον θεό της καταστροφής, Bacterian, ετοιμάζονται να εξαπολύσουν μια μαζική επίθεση κατά του πλανήτη Gradius.

Με ακατάβλητη δύναμη, οι σκοτεινές δυνάμεις απειλούν να βυθίσουν το Σύμπαν σε έναν ολοκληρωτικό πόλεμο και απόλυτη εξόντωση. Η εισβολή τους καταστρέφει τις άμυνες του Gradius, ενώ οι γύρω πλανήτες πέφτουν σαν ντόμινο. Τώρα, το κακό χέρι του Bacterian φτάνει στην καρδιά της αντίστασης... τον ίδιο τον πλανήτη Gradius.

Για να αντιμετωπίσουν την επικείμενη απειλή, οι Ενωμένες Δυνάμεις του κόσμου του Gradius συγκεντρώνουν όλα τα πολεμικά τους πλοία. Τα μισά σχηματίζουν ένα αμυντικό δίκτυο και τα υπόλοιπα μίας επιθετικής ομάδας. Όμως, είναι αριθμητικά κατώτεροι και οι σκοτεινές δυνάμεις διασπούν εύκολα τη λεπτή τους γραμμή άμυνας. Κανένας μαχητής δεν επιβιώνει από την σφαγή...

Σε μια ύστατη προσπάθεια, οι Ενωμένες Δυνάμεις του Gradius στέλνουν δύο καταδρομικά πλοία που προηγουμένως θεωρούνταν πολύ επικίνδυνα για αποστολές μάχης: τα Διαδωρικά καταδρομικά VIC VIPER. Τα καταδρομικά απογειώνονται προς την καρδιά του σκότους για να συμμετάσχουν στη μάχη που θα κρίνει τη μοίρα του Σύμπαντος...