Στο μοντέλο που πρότεινε ο Φρόυντ στο Πέρα από την αρχή της ηδονής για τη γένεση του εγώ ομιλεί για εξέλιξη μιας «ενόργανης κύστης», οπότε τίθεται το ερώτημα αν κατανοεί την εξέλιξη αυτής της ενόργανης κύστης όπως ενός απλοποιημένου οργανισμού, που «κτίζει τα όριά του, το προσληπτικό και το αλεξιδιεγερτικό του σύστημα υπό την επήρεια των εξωτερικών διεγέρσεων». Ή η «κύστη» για την οποία ομιλεί ο Φρόυντ, είναι ένα είδος υλικής ψυχής*, που την παρομοιάζει με τη βιολογική εικόνα του πρωτόζωου;

Και τίθεται αμέσως το ερώτημα τι είναι τα αρχέτυπα, για τη σημασία των οποίων υπάρχει πλήθος παρανοήσεων. Ένας τρόπος να τα κατανοήσουμε είναι να τα παραβάλουμε με τα ένστικτα: Τα τελευταία είναι «βιολογικές ωθήσεις, που τις αντιλαμβάνονται οι αισθήσεις». Έτσι και τα Αρχέτυπα είναι τα ένστικτα της ψυχής, τα οποία με κάποιο άγνωστο τρόπο εκδηλώνονται στη φαντασία και δημιουργούν άυλες συμβολικές εικόνες. Αρχέτυπο είναι το θέμα, η κεντρική του ιδέα, που παρουσιάζεται στους διάφορους μύθους με διαφορετικές εικόνες.

Η υπόθεση των Έντελμαν και Τονόνι για τη δομή του δυναμικού πυρήνα: α. Κάποιες νευρωνικές ομάδες, χωρικά κατανεμημένες στον εγκέφαλο, είναι προορισμένες να συμμετέχουν στην ενσυνείδητη εμπειρία. β. Μόνο ένα μικρό υποσύνολο από αυτές κάποτε θα αναλάβει την εκδήλωση της ενσυνείδητης εμπειρίας.

Διαπιστώσαμε μια σημαντική μετακίνηση των απόψεων για τη φυσική επιλογή και τον ρόλο της στις καινοτομίες των φαινοτύπων και της συμπεριφοράς των οργανισμών. Έπαψε αυτή να έχει την αποκλειστικότητα στην εξέλιξη των όντων, άλλες δυνάμεις επενέβησαν με αξιώσεις, όπως η μοριακή ενόρμηση και η ουδέτερη παρέκκλιση, μια ανακύκλωση του γενετικού υλικού, έτσι ώστε μαζί με τη φυσική επιλογή να φαίνεται ότι καθοδηγούν τις λειτουργικές καινοτομίες των οργανισμών.

Όταν και μόνον όταν το άτομο δεν περιορίζεται αποκλειστικά στη βιολογική σκευή του, διαθέτει «κάτι» άλλο με το οποίο έχει τη δυνατότητα να την ορίζει έστω εν μέρει, τότε και μόνον τότε μπορούμε να ισχυρισθούμε ότι επιλέγει, έχει ελεύθερη βούληση. Αυτό λοιπόν το «κάτι» είναι η ψυχή του· όσο για τη φύση της η απάντηση θα δοθεί στον επόμενο τόμο της εργασίας. Η διαφορά μεταξύ υλικής και άυλης ψυχής έχει χάσει το ενδιαφέρον της, όπως θα εξηγηθεί στον ΣΤ΄ τόμο της παρούσας εργασίας.