Οι καρποί των φυτών και των δέντρων καθώς και τα ξύλα, ως φυσικά υλικά, έχουν ξεκινήσει να χρησιμοποιούνται για τη δημιουργία κομπολογιών. Η χρήση τους αποδεικνύει το ιδιαίτερο ενδιαφέρον που υπάρχει για κομπολόγια από αυτά τα υλικά.

Ανάμεσα στα πιο γνωστά ξύλα, ο Έβενος ξεχωρίζει ως το πιο ανθεκτικό. Δεν υπάρχει ποικιλία χρωμάτων, περιοριζόμαστε στο καθαρό μαύρο και στο μαύρο με καφέ ανταύγειες. Πρόκειται για ένα σκληρό υλικό που αντέχει στη σκληρή χρήση.

Από τους καρπούς, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει ο καρπός του δέντρου Kούκα, που μοιάζει με καρύδα και έχει χρώμα καφέ. Οι χάντρες από καρπούς δέντρων και ξύλα έχουν κερδίσει την προτίμηση και συγκαταλέγονται στις πρώτες επιλογές υλικών για κομπολόγια.