Το Clear Card ξεκινά ακριβώς εκεί που σταμάτησε το Cardcaptor Sakura, με την Sakura και τον Syaoran να αρχίζουν το γυμνάσιο. Με την Τελική Απόφαση να έχει περάσει, η Sakura νομίζει ότι η σχολική ζωή θα είναι ήρεμη, αλλά ξαφνικά όλες οι κάρτες της γίνονται κενές! Η μυστηριώδης νέα δύναμη που ανακαλύπτει θα αλλάξει τον τρόπο που σκέφτεται για τις δυνάμεις...