Η ιστορία ξεκινά στο Balamb Garden, μια ακαδημία που εκπαιδεύει μισθοφόρους γνωστούς ως SeeD. Ο Squall, μαζί με τους Zell, Selphie, Quistis και αργότερα τον Irvine, αναλαμβάνει αποστολές για να αντιμετωπίσει την απειλή της Sorceress Edea, η οποία ελέγχει την αυτοκρατορία Galbadia. Καθώς η πλοκή εξελίσσεται, αποκαλύπτεται ότι η Edea είναι απλώς ένα πιόνι της Ultimecia, μιας μάγισσας από το μέλλον που προσπαθεί να συμπιέσει τον χρόνο και να κυριαρχήσει στο παρελθόν.

Ο Squall αναπτύσσει μια βαθιά σχέση με την Rinoa Heartilly, μια επαναστάτρια που γίνεται κεντρικό πρόσωπο στην ιστορία, καθώς αποκτά μαγικές δυνάμεις και συνδέεται με την Ultimecia. Το παιχνίδι εξερευνά θέματα όπως μοναξιά, μοίρα, ταυτότητα και συναισθηματική ωρίμανση, με κινηματογραφική αφήγηση και εντυπωσιακά cutscenes.