Σε μία χωματερή στην ανόμημη περιοχή του Scrapyard, ο διακεκριμένος κυβερνο-γιατρός Daisuke Ido ανακαλύπτει κάτι παράξενο: το αποσπασμένο κεφάλι μιας γυναίκας κυβερνοναύτη που έχει χάσει όλες τις μνήμες της. Τη βαφτίζει Alita και την εφοδιάζει με ένα πανίσχυρο νέο σώμα, το Berserker. Ενώ η Alita δεν θυμάται λεπτομέρειες από την προηγούμενη ζωή της, μια...