Η ιστορία του Puzzle Bobble Everybubble! Φέρνει τους Bub, Bob, Peb και Pab στα Rainbow Islands, όπου ζει ο Miniroon, ένας μυστήριος χαρακτήρας που μοιάζει στον Bub. Μια μέρα, ο Miniroon αρχίζει ξαφνικά να φτιάχνει φούσκες, καλύπτοντας ολόκληρο το νησί με αυτές και προκαλώντας προβλήματα στους κατοίκους του.

Είναι ώρα για τα τέσσερα φιλικά δρακάκια να έρθουν στο προσκήνιο και να βοηθήσουν τον Miniroon να σταματήσει τις ανοησίες με τη δημιουργία φουσκών! Σε αυτήν τη νέα περιπέτεια, οι παίκτες πρέπει για μια ακόμα φορά να καθαρίσουν τις φούσκες σε μια σειρά πίστες αυξανόμενης δυσκολίας και διασκέδασης. Για να τους βοηθήσουν στην αποστολή τους, οι παίκτες θα μπορούν να χρησιμοποιούν πολυάριθμα αντικείμενα και κόλπα, ή να δοκιμάσουν να κάνουν ό,τι καλύτερο μπορούν μόνοι τους.