Το Catan: Explorers & Pirates διαφέρει από το βασικό παιχνίδι του Catan σε τρία βασικά σημεία.

Πρώτον, αντί για ένα μόνο νησί πάνω στο οποίο οι παίκτες χτίζουν και ανταγωνίζονται για πόρους, υπάρχουν τρία νησιά — όμως μόνο το ένα είναι γνωστό στην αρχή του παιχνιδιού. Οι παίκτες ξεκινούν από αυτό το νησί και στη συνέχεια κατασκευάζουν πλοία και φέρνουν αποίκους στο παιχνίδι, ώστε να μπορέσουν να ταξιδέψουν σε νέες περιοχές.
Όταν ένα πλοίο ολοκληρώσει την κίνησή του δίπλα σε ανεξερεύνητη περιοχή, το αντίστοιχο εξάγωνο αποκαλύπτεται και τοποθετείται πάνω του ένας τυχαία επιλεγμένος αριθμημένος δίσκος. Ο παίκτης που το αποκάλυψε κερδίζει έναν πόρο ως ανταμοιβή, εφόσον το εξάγωνο παράγει πόρους. (Ο αριθμός των άγνωστων πλακιδίων κυμαίνεται από 16 έως 32, ανάλογα με το σενάριο.)
Ένας άποικος και ένα πλοίο μπορούν να μετατραπούν σε οικισμό, από τον οποίο μπορούν να κατασκευαστούν δρόμοι και νέα πλοία για περαιτέρω εξερεύνηση της νέας γης.

Δεύτερον, αντί για πόλεις, το Catan: Explorers & Pirates επιτρέπει στους παίκτες να κατασκευάζουν λιμενικούς οικισμούς, πληρώνοντας δύο σιτηρά και δύο μεταλλεύματα. Ένας λιμενικός οικισμός παρέχει μόνο έναν πόρο όταν ριχτεί ο αντίστοιχος αριθμός στην αρχή ενός γύρου. Όπως και οι πόλεις, οι λιμενικοί οικισμοί αξίζουν δύο πόντους νίκης (VPs), ενώ ο συνολικός αριθμός πόντων που απαιτείται για τη νίκη εξαρτάται από το εκάστοτε σενάριο.

Τρίτον, αν ένας παίκτης δεν λάβει κανέναν πόρο κατά τη φάση παραγωγής (εκτός αν ριχτεί το 7), λαμβάνει ένα χρυσό ως αποζημίωση. Δύο χρυσά μπορούν να ανταλλαγούν με την τράπεζα για έναν πόρο της επιλογής του παίκτη. Ο χρυσός έχει και άλλες χρήσεις, όπως το να βοηθά στην απόδραση από πειρατές.

Τα πέντε σενάρια που περιλαμβάνονται στο Catan: Explorers & Pirates είναι:

• Land Ho!
Εξερευνήστε τις θάλασσες της Catan και ανακαλύψτε δύο νέα νησιά για να επεκτείνετε τους οικισμούς σας. Αφού εντοπίσετε ένα νησί, πρέπει να χρησιμοποιήσετε πλοία για να μεταφέρετε αποίκους από νησί σε νησί και να αποικίσετε μακρινές περιοχές.
(Εισαγωγικό σενάριο)

• Pirate Lairs!
Σε αυτό το σενάριο, πειρατές περιπλανώνται στις θάλασσες μαζί με τα εμπορικά σας πλοία. Πληρώστε φόρο υποτέλειας στους πειρατές ή εκδιώξτε τους και στη συνέχεια εντοπίστε και καταλάβετε τα ορμητήριά τους για να κερδίσετε χρυσό και πόντους νίκης!
(Σενάριο μίας αποστολής)

• Fish for Catan!
Οι κάτοικοι της Catan αντιμετωπίζουν έλλειψη τροφίμων, οπότε ήρθε η ώρα να στραφείτε στη θάλασσα για ψάρεμα. Πρόκειται όμως για ψάρια ανοιχτής θάλασσας — πρώτα πρέπει να εντοπίσετε τα κοπάδια τους πριν μπορέσετε να τα αλιεύσετε!
Το Συμβούλιο της Catan ανταμείβει τους παίκτες με πόντους νίκης τόσο για την επιστροφή ψαριών στο νησί όσο και για την κατάληψη πειρατικών ορμητηρίων. Προσοχή όμως στους περιπλανώμενους πειρατές — όχι μόνο θα απαιτήσουν χρυσό, αλλά μπορεί να φτάσουν πρώτοι στα ψάρια!
(Σενάριο δύο αποστολών)

• Spices for Catan!
Σε αυτό το σενάριο, το Συμβούλιο της Catan ζητά από εσένα να βρεις ψάρια και μπαχαρικά για τον λαό της Catan! Όπως και πριν, οι πιο δραστήριοι έμποροι καπετάνιοι ανταμείβονται με πόντους νίκης.
Για να αποκτήσεις μπαχαρικά, θα χρειαστεί να γίνεις φίλος με τους μυστηριώδεις κατοίκους των Νήσων των Μπαχαρικών· σε αντάλλαγμα, όχι μόνο θα σου εμπορευτούν μπαχαρικά, αλλά θα σου διδάξουν και τις γνώσεις τους στην ναυσιπλοΐα ή ακόμα και τεχνικές μάχης ενάντια στους πειρατές!
(Σενάριο δύο αποστολών)

• Explorers and Pirates!
Αυτό το εκτενές και απαιτητικό σενάριο συνδυάζει όλα τα στοιχεία των προηγούμενων σεναρίων! Εξερευνήστε νέα εδάφη, καταλάβετε πειρατικά ορμητήρια, ψαρέψτε και γίνετε φίλοι με τους κατοίκους των Νήσων των Μπαχαρικών!
(Σενάριο τριών αποστολών)