Το Stand Alone Complex διαδραματίζεται το έτος 2030, στην φανταστική ιαπωνική πόλη New Port. Η ιστορία ακολουθεί τα μέλη της Δημόσιας Ασφάλειας Τμήμα 9, μιας ειδικής ομάδας επιχειρήσεων που αποτελείται από πρώην στρατιωτικούς και αστυνομικούς ντετέκτιβ. Το manga παρουσιάζει μεμονωμένες υποθέσεις που ερευνά το Τμήμα 9, καθώς και μια συνεχιζόμενη, σοβαρότερη έρευνα για τον κατά συρροήν δολοφόνο και χάκερ που είναι γνωστός μόνο ως ο Laughing Man.