Ο τρόπος με τον οποίο ομαδοποιούνται και θίγονται τα θέματα στο Ανθρώπινο, πάρα πολύ ανθρώπινο αντιστοιχεί στην αφοριστική μορφή αναζήτησης της αλήθειας. Ο πρώτος τόμος περιλαμβάνει, εκτός από τον πρόλογο και τον Επίλογο, εννέα κεφάλαια ή μέρη στα οποία γίνεται κατ' αρχάς λόγος για τα Πρώτα και έσχατα πράγματα και κατόπιν για την Ιστορία των ηθικών αισθημάτων; ακολουθούν μέρη αφιερωμένα στη θρησκευτική ζωή, στην τέχνη, στην κουλτούρα, στην οικογένεια, στο κράτος.

Η άρθρωση αυτή μοιάζει να αντιστοιχεί στην παραδοσιακή οργάνωση της συστηματικής φιλοσοφίας, αρχίζοντας από τα πρώτα και τα έσχατα πράγματα, άρα από μια πραγμάτευση θεμελιωδών ζητημάτων, έτσι όπως αυτά τίθενται, και λύνονται, στο μέτρο του δυνατού, μέσα στην κλασική μεταφυσική. Τα επόμενα μέρη μοιάζουν επίσης να ταιριάζουν με το παραδοσιακό σχήμα των φιλοσοφικών κλάδων, αν θεωρήσουμε το μέρος για την ιστορία των ηθικών αισθημάτων μια ηθική, το μέρος για τη θρησκευτική ζωή μια φιλοσοφία της θρησκείας, και τα υπόλοιπα μια αισθητική, μια φιλοσοφία του κράτους και τέλος μια ανθρωπολογία (Ο άνθρωπος με τον εαυτό του).

Μια πιο διεξοδική εξέταση του περιεχομένου θα δείξει όμως ότι εδώ έχουμε να κάνουμε με κάτι τελείως διαφορετικό από ένα κλειστό σύστημα, και ότι ο Νίτσε θέλει μάλλον να απογυμνώσει τις κυρίαρχες ‘αλήθειες’ και τρόπους σκέψης από τις συστηματικές τους προφυλάξεις και να εκθέσει μπροστά μας τον προβληματικό, αν όχι απαρχαιωμένο, χαρακτήρα των αρχών της μεταφυσικής, της ηθικής, της αισθητικής κτλ.

Είναι λοιπόν λογικό το ότι, στον δεύτερο τόμο, ο Νίτσε απαρνείται την σχεδόν παρωδιακή διαδοχή των φιλοσοφικών κλάδων και διασκορπίζει, αντί να συγκεντρώνει, τα σύντομα δοκίμια και τους αφορισμούς που απαρτίζουν το μέρος με τον τίτλο Ανάμεικτες γνώμες και αποφθέγματα, το οποίο δεν είναι πια χωρισμένο σε μέρη, όπως και το δεύτερο, που περιέχει έναν σύντομο διάλογο ανάμεσα στον Περιπλανώμενο και τη Σκιά του.