H ιστορία ακολουθεί τον Altair αμέσως μετά τα γεγονότα του πρώτου Assassin's Creed, καθώς κυνηγάει τους τελευταίους Ναΐτες που εγκατέλειψαν τους Αγίους Τόπους για να βρουν καταφύγιο στο νησί της Κύπρου.
Το παιχνίδι χρησιμοποιεί την κάμερα τρίτου προσώπου και ο χαρακτήρας έχει να διαλέξει ανάμεσα σε μια πληθώρα από όπλα και εφευρέσεις της εποχής, που σας λύνουν τα χέρια. Παράλληλα, σας προσφέρεται η δυνατότητα να διαλέξετε με ποιον τρόπο θέλετε να σκοτώσετε τον αντίπαλο σας. Μπορείte να τον πολεμήσετε σε μάχη ένας εναντίον ενός, να τον χτυπήσετε ύπουλα από πίσω ή να τον σκοτώσετε με τα χέρια σας. Ταυτόχρονα, στις μάχες θα έχετε μια πληθώρα κινήσεων και λαβών. Επίσης, έχετε την δυνατότητα είτε να περπατάτε αθόρυβα για να μην γίνεστε αντιληπτοί από τους φρουρούς, είτε να τρέχετε ώστε να μπορέσετε να ξεφύγετε από το οπτικό τους πεδίο.