Η ιστορία ξεκινά αμέσως μετά το πρώτο τουρνουά Mortal Kombat, με τον Liu Kang να νικά τον Shang Tsung. Όμως η νίκη δεν φέρνει ειρήνη, καθώς οι ήρωες δέχονται επίθεση από στρατιώτες του Outworld. Ο Raiden στέλνει τον Liu Kang και τον Kung Lao σε μια αποστολή για να σταματήσουν τον Shao Kahn, ταξιδεύοντας μέσα από περιοχές όπως το Living Forest, το Soul Tomb και το Wastelands. Στην πορεία αντιμετωπίζουν εμβληματικούς χαρακτήρες όπως Scorpion, Sub-Zero, Reptile και Baraka, ενώ αποκαλύπτεται ότι ο Shang Tsung σχεδιάζει να ανακτήσει τη δύναμή του μέσω ψυχών.