Η τοποθεσία ανακαλύφθηκε το 1878 από τον Μίνωα Καλοκαιρινό. Οι ανασκαφές στην Κνωσσό άρχισαν το 1900 από τον Αγγλο αρχαιολόγο Σερ Άρθουρ Έβανς και την ομάδα του, και συνεχίστηκαν για 35 χρόνια. Ο παλαιός ανασκαφές και η μερική αποκατάσταση του παλατιού έγιναν υπό τη διεύθυνση του Άρθουρ Έβανς στα πρώτα χρόνια του 20ού αιώνα. Το μέγεθος του παλατιού υπερέβη κατά πολύ τις αρχικές του προσδοκίες, όπως και η ανακάλυψη δύο αρχαίων γραφών, τις οποίες ονόμασε Γραμμική Α και Γραμμική Β, για να ξεχωρίσει τη γραφή τους από τις εικονογραφίες που ήταν επίσης παρούσες. Από την εκσκαφή του παλατιού, ο Έβανς ανέπτυξε ένα νέο αρχαιολογικό концепτό της πολιτισμού που το χρησιμοποίησε, το οποίο ονόμασε Μινωικός, ακολουθώντας τη μακροχρόνια συνήθεια να επισημαίνονται όλα τα αντικείμενα από τον τόπο ως Μινωικά.

Το παλάτι της Κνωσσού ήταν αναμφισβήτητα το τελετουργικό και πολιτικό κέντρο του μινωικού πολιτισμού και κουλτούρας. Παρουσιάζεται ως ένας λαβύρινθος από εργαστήρια, χώρους διαβίωσης και αποθήκες κοντά σε μια κεντρική πλατεία. Μια κατά προσέγγιση γραφική άποψη ορισμένων πτυχών της Κρητικής ζωής στην Εποχή του Χαλκού παρέχεται από τις αποκαταστάσεις των εσωτερικών και εξωτερικών τοιχογραφιών του παλατιού, όπως επίσης και από τα διακοσμητικά μοτίβα της κεραμικής και τα σύμβολα στα σφραγίσματα.

Το παλάτι εγκαταλείφθηκε σε κάποια άγνωστη στιγμή στο τέλος της Ύστερης Εποχής του Χαλκού, περίπου 1380–1100 π.Χ. Η αφορμή δεν είναι γνωστή με βεβαιότητα, αλλά μία από τις πολλές καταστροφές που βρήκαν το παλάτι προβάλλεται γενικά. Ο πληθυσμός που εγκατέλειψε την περιοχή ήταν πιθανόν Μυκηναίοι Έλληνες, οι οποίοι είχαν προηγουμένως καταλάβει την πόλη-κράτος και χρησιμοποιούσαν τη Γραμμική Β ως την διοικητική τους γραφή, σε αντίθεση με τη Γραμμική Α, την προηγούμενη διοικητική γραφή. Ο λόφος ποτέ ξανά δεν έγινε οικισμός ή αστικός χώρος, αν και οι καταληψίες μπορεί να τον χρησιμοποίησαν για κάποιο διάστημα.