Η ιστορία ξεκινά όταν ο πρωταγωνιστής, ένας μαθητής λυκείου, μεταφέρεται στο Τόκιο μετά από ψευδή κατηγορία για επίθεση. Κατά τη διάρκεια της δοκιμαστικής του περιόδου στο Shujin Academy, ανακαλύπτει την Metaverse, έναν εναλλακτικό κόσμο που αντικατοπτρίζει τις διεστραμμένες επιθυμίες των ανθρώπων. Μαζί με άλλους μαθητές που έχουν υποστεί αδικία, σχηματίζει την ομάδα Phantom Thieves of Hearts, με στόχο να αλλάξουν τις καρδιές διεφθαρμένων ενηλίκων μέσω επιδρομών σε “Palaces” — ψυχολογικές εκδοχές της πραγματικότητας.

Η έκδοση Royal προσθέτει την Kasumi Yoshizawa, μια νέα χαρακτήρα με δική της ιστορία και Persona, καθώς και τον μυστηριώδη σύμβουλο Takuto Maruki. Περιλαμβάνει επίσης ένα επιπλέον τρίτο εξάμηνο, νέα dungeon, βελτιώσεις στο gameplay, και περισσότερες κοινωνικές δραστηριότητες. Το παιχνίδι συνδυάζει JRPG μάχες, κοινωνική προσομοίωση και ψυχολογική αφήγηση, εξερευνώντας θέματα όπως η ελευθερία, η καταπίεση και η προσωπική εξέλιξη. Θεωρείται ένα από τα πιο ολοκληρωμένα και αγαπημένα παιχνίδια της σειράς Persona