Η ιστορία ξεκινά με τον παίκτη να μετακομίζει στην Alola και να ξεκινά το ταξίδι του ως εκπαιδευτής Pokémon, συμμετέχοντας στο Island Challenge αντί για τα παραδοσιακά γυμναστήρια. Καθώς εξερευνά τα τέσσερα νησιά, αντιμετωπίζει Totem Pokémon, Captains και Kahunas, ενώ γνωρίζει νέους χαρακτήρες όπως την ομάδα Ultra Recon Squad, που προέρχεται από έναν άλλο κόσμο. Η πλοκή εστιάζει στον Necrozma, ένα μυστηριώδες Pokémon που απειλεί να καταστρέψει την ισορροπία του φωτός στον κόσμο, και ο παίκτης καλείται να το σταματήσει μέσω ταξιδιών σε Ultra Wormholes και εναλλακτικές διαστάσεις.