Η σκέψη του Ηρακλείτου εμφανίζεται στη ιστορία του ελληνικού στοχασμού ως ένα παράδοξο φαινόμενο, γιατί η δομή της είναι εξαιρετικά ιδιότυπη. Πρόκειται για μια πολύγραμμη εσωτερική γραφή που δεν κινείται μονοδιάστατα σε ευθείες γραμμές αλλά σε λοξές που πλέκονται μεταξύ τους και σχηματίζουν θυσάνους.

Ο Πλάτων απεικονίζει τη σκέψη του φιλοσόφου ως μια βροχή από βέλη που εκτοξεύονται σαν από φαρέτρα. Ο Ηράκλειτος επιζητεί να εξερευνήσει το κρυμμένο βάθος των πραγμάτων και να μας μυήσει στην αλήθεια. Η σχέση του με την αλήθεια έχει ένα ξεχωριστό νόημα: η αλήθεια δεν κατοικεί σε φωτεινούς τόπους, μονάχα στο σκοτάδι ανευρίσκεται και για να την ανακαλύψει κανείς πρέπει να έχει αναμμένο το φως της άγρυπνης συνείδησής του.

Τα αποσπάσματα του Ηράκελιτου είναι πυκνές και σκοτεινές αποφάνσεις που δεν επαναπαύουν αλλά κεντρίζουν συνεχώς το πνεύμα μας. Ο ηρακλείτειος λόγος δεν αποκαλύπτει αλλά ούτε και αποκρύτει τίποτε - υπαινίσσεται μόνον, όπως ο άναξ του μαντείου του Δελφών, ο οποίος "ούτε λέγει ούτε κρύπτει, αλλά σημαίνει".