Ο παίκτης μετακομίζει στην Alola και ξεκινά την περιπέτειά του με ένα από τα αρχικά Pokémon (Rowlet, Litten ή Popplio), συνοδευόμενος από τον Professor Kukui και τον φίλο του Hau. Αντί για Gym Leaders, συμμετέχει σε Trials και Grand Trials σε τέσσερα νησιά, με Totem Pokémon ως bosses. Η Team Skull προκαλεί χάος, ενώ η Aether Foundation ισχυρίζεται ότι προστατεύει Pokémon, αλλά κρύβει σκοτεινά κίνητρα. Ο παίκτης συναντά την Lillie και το μυστηριώδες Pokémon Cosmog, που συνδέεται με τα θρυλικά Lunala (Moon) και Solgaleo (Sun).

Το παιχνίδι εισάγει Z-Moves, Regional Forms (Alolan variants), και Ultra Beasts, ενώ καταργεί τα HMs και προσθέτει Ride Pokémon. Το Pokémon Moon διαδραματίζεται 12 ώρες πίσω από το Pokémon Sun, επηρεάζοντας το in-game περιβάλλον. Ξεχωρίζει για την αφηγηματική εστίαση, την πολιτισμική ποικιλομορφία και την καινοτομία στη δομή του ταξιδιού.